針對公投第11 案後續《性別平等教育法施行細則》第13條修正之意見，台灣性別平等教育協會聲明及修改意見如下：
《性別平等教育法施行細則》第 13 條：「本法第十七條第二項所定性別平等教育相關課程，應涵蓋情感教育、性教育、同志教育等課程，以提昇學生之性別平等意識。」之「同志教育」一詞應予保留，以維持高中和大專院校對同志教育課程內容的彈性與廣度。另新增第13條第2項：
「國中小所實施之同志教育，應以認識與尊重生理性別、性傾向、性別特質與性別認同之多元面貌為課程內容。」
台灣性別平等教育協會針對 《性別平等教育法施行細則》第13條之修改意見
修改說明如下：
- 本次公投第 11 條主文內容限定於國中小教育階段，因此對於《性別平等教育法施行細則》第 13 條的修訂，應以新增第二項的方式，針對國中小的同志教育內容作出明確說明。若將《施行細則》第13條「同志教育」一詞貿然刪除，恐更加強社會對於同志教育之錯誤印象，不利教師在校園落實完整的性別平等教育。
- 現行九年一貫課程綱要與即將上路的十二年國教課綱中，都明訂於國中小階段應教導學生培養對「生理性別、性傾向、性別特質與性別認同多樣性的尊重」。2005年《施行細則》於第13條中明確規定性別平等教育相關課程應涵蓋「同志教育」，是因為同志議題作為性別平等教育中的重要主題，卻長期於學校教育中缺席，因此有需要特別提醒性別平等教育需納入同志教育。
- 教師表示，同志學生是否能安心成長，取決於環境的友善程度。家長表示，若把「同志教育」四個字刪除，設法用其他詞彙來形容或描述，只是讓「同志」這個詞變成佛地魔一般「不可說」的存在。當一件事連說都「不能說」時，更遑論「尊重」。「同志教育」是對同志學生重要的支持力量，也讓所有的學生認識及理解不同的族群，且讓所有人得到應有的尊重與對待。
- 司法院釋字 748 號肯認同志為憲法上應受平等保護的族群。基於消弭歧視及平等保護的精神，我國的性別平等教育和課綱應本於尊重人權、支持差異、消除歧視的政策和教育的目的，積極實現固守人權和社會正義的義務。
